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代謝組+蛋白質組+轉錄組

系統發育學是指基因組轉錄成轉錄組,轉錄組翻譯成蛋白質組,蛋白質控制代謝物的合成,代謝物的積累導致生物表型的出現。單獨用一種組學對系統生物學進行研究,往往比較片面,整合多組學分析是目前綜合分析代謝產物的最有效的方法。轉錄組-蛋白質組數據彼此關聯,依據的是mRNA與蛋白之間的翻譯關系,通過此關系將mRNA與其翻譯的蛋白整合,即通過蛋白ID查找與之匹配的轉錄本數據。
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  1.產品簡介:

  系統發育學是指基因組轉錄成轉錄組,轉錄組翻譯成蛋白質組,蛋白質控制代謝物的合成,代謝物的積累導致生物表型的出現。單獨用一種組學對系統生物學進行研究,往往比較片面,整合多組學分析是目前綜合分析代謝產物的最有效的方法。轉錄組-蛋白質組數據彼此關聯,依據的是 mRNA 與蛋白之間的翻譯關系,通過此關系將 mRNA 與其翻譯的蛋白整合,即通過蛋白 ID 查找與之匹配的轉錄本數據。蛋白與代謝

 

  2.應用領域:

   植物生長發育機制研究

  ◆ 植物生物脅迫機制研究

  ◆ 植物非生物脅迫機制研究

  ◆ 蔬果花卉色澤營養代謝研究

  ◆ 藥用植物功能活性成分通路探究

  ◆ 動物遺傳育種

  ◆ 動物營養品質研究

  ◆ 動物疾病研究

 

  3.技術路線:

 

技術路線

 

  4.樣本要求

 

 

轉錄組

蛋白質組

廣靶

新鮮植物組織

新鮮植物組織:≥500mg ,根:≥1000mg,果實:≥1500mg

鮮重≥1g

建議3g,最低1g

新鮮動物組織

≥300mg

≥200mg;

建議200mg,最低50mg;

細胞

≥5×106

≥5×106 或細胞沉淀不少于50μL;

建議1×107,最低1×106

 

  5.分析內容:

分析內容

  6.文章案例:

  Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish

  多組學聯合分析解析斑馬魚尾鰭位置記憶組織再生新視角

   期刊:PNAS

   影響因子:9.661

   發表時間:2017年

  方案設計:

  1. 對未受傷的斑馬魚尾鰭近端,中間和遠端區域進行了RNA測序和蛋白質組學檢測,篩選位置差異基因及蛋白;

  2. 質譜對未損傷尾鰭的近端,中間和遠端區域進行代謝組檢測,篩選位置差異代謝物;

  3. 對剪掉尾鰭0,1,3天再生鰭背側和遠側區域進行蛋白質組檢測,篩選與再生相關蛋白

  結果:

  位置記憶賦予再生組織兩個關鍵屬性。首先,離身體近端的截肢比遠端截肢的再生更快。第二,新的組織是有圖案的。只有損傷部位遠端的結構才能再生。跨膜受體Prod1是位置記憶唯一真正的效應者。除Prod1外,小分子維甲酸(RA)也被報道為兩棲類肢體位置記憶的效應物。未受傷的斑馬魚尾鰭上RNAs,蛋白質和代謝物的檢測,確定了32個基因和42個代謝物的高信度列表,這些斑馬魚是位置記憶的候選效應子。

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  Rabinowitz Jeremy S,Robitaille Aaron M,Wang Yuliang et al. Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish.[J] .Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2017, 114: E717-E726.

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