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轉錄組測序

轉錄組,廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的集合,包括mRNA,rRNA,tRNA以及其他non coding RNA,狹義上只mRNA 集合。轉錄組測序,只利用新一代高通量測序技術,全面快速獲取某一物種特地組織或器官在某一狀態下的所有mRNA的序列信息。
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  1.產品簡介:

  轉錄組,廣義上指某一生理條件下,細胞內所有轉錄產物的集合,包括mRNA,rRNA,tRNA以及其他non coding RNA,狹義上只mRNA 集合。

  轉錄組測序,只利用新一代高通量測序技術,全面快速獲取某一物種特地組織或器官在某一狀態下的所有mRNA的序列信息。

 

  2.應用領域:

  ◆ 動植物生長發育機制研究

  ◆ 動植物抗性及適用性機制研究

  ◆ 不同器官基因表達模式研究

 

  3.技術路線:

  無參考基因組轉錄組技術流程

山東省地方的

 

  有參考基因組轉錄組技術流程

 

 

  4.技術參數:

 

 

無參考基因組轉錄組測序

有參考基因組轉錄組測序

樣本要求

新鮮植物組織:≥500mg,根:≥1000mg,果實:≥1500mg,動物組織:≥300mg,細胞: ≥5×106

RNA要求

RNA濃度:≥50 ng/ul , 總量:>3ug, RIN≧6.8 (動物)、6.3(植物、真菌)OD260/280≧1.8

建庫測序

Oligo(dT)磁珠富集mRNA,構建普通轉錄組文庫或鏈特異性文庫進行轉錄組測序

測序平臺

HiSeq X-TEN ,Novaseq

數據量及測序策略

6G,8G,10G,clean data;PE 150

 

  分析內容:

師德師風

  5.文章案例:

  Anthocyanins accumulation and molecular analysis of correlated genes bymetabolome and transcriptome in green and purple asparaguses (Asparagusofficinalis, L.)

  轉錄組+代謝組學解析蘆筍中花青素積累的分子機制

   期刊:Food Chemistry

   影響因子:IF=4.946

   發表時間:2018年7月

  方案設計:

  1. 選擇綠色,紫色顏色有區別的4個蘆筍品種進行花青素檢測。

  2. 根據花青素檢測結果,挑選兩個差異最大材料進行轉錄組檢測,花青素通路差異基因分析;

  3. 對紫色蘆筍進行遮光處理,觀察光照多蘆筍顏色影響。

  結果分析:

  1.花青素檢測:3個紫色蘆筍材料花青素含量高于對照;

  2.轉錄組分析:選擇花青素檢測結果中差異比較大的綠色和紫色兩個品種進行轉錄組測序,篩選花青素合成通路差異基因,大部分基因在紫色品種顯著上調;

  3.轉錄因子家族分析及驗證:對兩材料轉錄因子進行分析,篩選了與花青素相關的差異轉錄因子進行qPCR驗證。

  4.表型驗證:對紫色品種進行遮光處理,顯示蘆筍變成白色,說明花青素是光依賴型產物。

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  6.參考文獻:

  Dong Tingting,Han Rongpeng,Yu Jiawen et al. Anthocyanins accumulation and molecular analysis of correlated genes by metabolome and transcriptome in green and purple asparaguses (Asparagus officinalis, L.).[J] .Food Chem, 2019, 271: 18-28

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